V noci ze 7. na 8. října 1941 na základě výnosu zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha gestapo zatklo v rámci „Akce Sokol“ na 1500 sokolských činovníků. Ještě během této noci podepsal Reinhard Heydrich úřední výměr o rozpuštění České obce sokolské, kterou nacisté považovali za nejnebezpečnější domácí organizaci, jejíž organizační aparát sloužil v masovém měřítku odbojovému hnutí.

Zatčení sokolové byli vězněni, mučeni a deportováni do koncentračních táborů. Plných 93% z nich do konce války zahynulo.

Nejvýznamnějším skutkem sokolského odboje se pak stala spolupráce při atentátu na Reinharda Heydricha (operace Anthropoid), který by se bez doslova sebevražedné pomoci sokolů nemohl nikdy uskutečnit.

Sokolové byli vždy hrdými a odhodlanými vlasteci. Zapojili se do činnosti československých legií již za první světové války, což výstižně dokládá citát T. G. Masaryka „Bez sokolů by nebyly legie, bez legií by nebylo Československo“. Sokolové se zapojili se i do bojů druhé světové války na všech frontách. Porážka nacistického Německa pro ně byla nejen cestou k osvobození okupované vlasti, ale i k uchování tradičních sokolských ideálů. V letech 1939 až 1945 bylo celkem vězněno 11 611 členů obce sokolské. 1 212 sokolů a sokolek nacisté popravili, v koncentračních táborech, káznicích a věznicích zemřelo dalších 2 176, další stovky obětí byly z řad dorostencůa dorostenek, posléze i při povstání na konci války.